Le monde obscur est de plus en plus sombre, les sorciers ont un nouveau gros sorcier qui est en conflit avec le précédent. Des choses étranges se produise dans la ville, Magnus Bane est le premier coupable pour Lorenzo Rey, juste par ce que son père est Asmodée, le prince des enfers. Mais après une enquête, il est prouvé que ce n’est pas Asmodée la responsable de tout ça, mais Lilith. Elle oblige des personnes à tuée les personnes qui leurs sont les plus proche et de sacrifier leur sang pour que son fils puissent revenir à la vie. Son fils n’est nul autre que Jonathan, le frère de Clary Fairchald, mais aussi le fils de Valentin Morgenstern. Lilith est prête à tout pour sauver la vie de son fils, mais certains Shadowhunter, loup garou et Magnus Bane font tout pour l’arrêter.

Magnus Bane se retrouve dans pouvoir après une négociation avec son père afin de sauver Jace, Alexander se retrouve blesser par son propre parabatail. Mais ce n’est pas le plus important durant cette soirée, quand Jace retrouve Clary ils arrivent à détruire le lieu où se trouve Jonathan inconscient, mais prêt à se réveiller à tout moment. Mais les rêves de Lilith ne se produisent pas, une explosion à lieu et son fils ainsi que Clary se retrouve propulser et personne n’aperçois leur corps dans les débris. Des recherches commence rapidement pour essayer de retrouver Clary, Jace ne peux pas accepter qu’elle soit prétendu morte par sa faute, à cause de sa faiblesse après sa mort. Lilith à eu le temps de s’échapper durant tout ça, elle non plus ne peut pas accepter que son fils qui lui a demandé de l’aide soit mort à cause des Shadowhunter.

Elle est prête à tout pour lui, elle va de nouveau mettre un plan en place pour sauver son fils, elle a de nouveau mis des humains sous son influence pour qu’il retrouve Jonathan.  Elle profite du fait que les Shadowhunters la pensent morte en même temps que son fils, mais de nombreuse espèce vont devoir apprendre à œuvrer ensemble pour sauver leur vie ou celle de leur proche. Certaines Shadowhunter devront puiser dans leur côté sombre pour vaincre le mal qui est en train de s’abattre sur leur ville et d’autres devront apprendre à vivre sans leur capacités. Personne ne sait réellement se qui se cache dans l’ombre, ce que Lilith prépare ou encore si Jonathan à était retrouver et ramener à la vie.