Clary est une belle jeune fille aux cheveux roux vif et au corps mince. Hodge remarqua qu'elle ressemblait beaucoup à sa mère, Jocelyn. Son style vestimentaire est généralement simple et conservateur et elle n'aime pas porter les tenues révélatrices qu'Isabelle lui a fait porter à l'occasion.
Depuis qu'elle a rencontré et est devenue l'un des Shadowhunterhunters, Clary a maintenant plusieurs runes brûlées dans diverses parties de son corps, y compris la rune iratze sur le côté droit du cou, Protection sur le côté gauche de la poitrine, juste en dessous de la rune Vision. sur sa clavicule gauche et la rune Nyx sur son omoplate droite. Sur son bras gauche, répertorié de son avant-bras à son poignet, elle porte la rune Blocking, Communication, Unseen et la rune Soundless. Sur son bras droit, il y a Courage au Combat, Visible et les runes qui changent de forme. elle a la rune angélique permanente sur le dos de son poignet droit et la rune Heat Vision sur le dos de sa main droite qui s'est depuis estompée.

Mais depuis plus d'un an maintenant elle n'a plus aucun runes sur le corps, comme elle a tout oublier a cause de ce qui s'est passer, et également maintenant elle a changer de coupe de cheveux, ayant une frange maintenant.

Clary est têtu, têtu et fougueux. Elle est aussi intelligente et créative. Elle aime et se soucie profondément de sa mère et ses amis et fidèles à eux-dessus tous les autres.
N'ayant pas été élevé avec les préjugés et les règles typiques de Shadowhunter, elle est souvent en désaccord avec les Shadowhunters plus traditionnels de l'Institut, comme Alec et Lydia, sur des questions concernant les mondains et les Downworlders, le strict respect des règles et du protocole, ainsi que leur comportement généralement indépendant. culture centrée. Contrairement à la plupart des Shadowhunters, qui défendent des innocents par devoir, Clary le fait sans hésiter, car elle le souhaite.

Clary Fray est née de l’union de Jocelyn Fray et Valentin Morgenstern, bien que ce dernier ne connaissait pas l'existence de sa fille. Pendant son enfance, la mère de Clary lui cacha ses origines, ainsi que l'identité de son père, notamment en lui faisant croire que celui-ci était mort. Cependant, le sang angélique de Clary lui permettant de voir les Créatures Obscures, Jocelyn dût demander à Magnus Bane, le plus grand sorcier de Brooklyn, de lui effacer la mémoire de manière régulière et répétée. Quand elle était enfant, Luke l'a emmené, elle, Simon et sa mère faire du camping. Pendant qu'ils faisaient griller des Marshmallows, elle s'en colla dans les cheveux, et sa mère dû les lui couper. Alors qu'elle pleurait pendant le chemin du retour, se plaignant de ressembler à un garçon, Luke lui dit qu'elle était toujours belle comme cela, et qu'il l'aimerait toujours.

Alors que Clary, accompagnée de son meilleur ami Simon Lewis et de son amie Maureen, s'apprêtait à fêter son 18e anniversaire dans une boîte branchée appelée le Pandemonium, la jeune femme fut intriguée par un jeune homme qu'elle semblait la seule à voir. Elle le suivit à l'intérieur de la boîte et se retrouva pour la première fois confrontée aux Chasseurs d'Ombres, en voulant sauver une femme qui était en fait un démon. Clary tua, sans le vouloir, un des démons présents, ce qui la traumatisa. Elle s'enfuit rapidement de la boîte et se cogna au passage contre Magnus, ce qui lui fit des flashs-back. De retour chez elle, elle se retrouva avec sa mère, affolée car elle croyait avoir commit un meurtre et pensait devenir folle. Sa mère la rassura et commença à lui expliquer ce qu'elle était avant que Dorothea en panique vienne avertir Jocelyn que Magnus avait envoyé un message afin de les prévenir que les membres du Cercle l’avaient retrouvée. Sa mère lui remit un collier et l'envoya par un Portail au commissariat où se trouvait Luke. Malheureusement, Clary entend dire par Luke à certain membre du Cercle qu'il n'en a rien à faire d'elle et que les membres du Cercle pouvaient les tuer, elle et sa mère. Clary retourne alors chez elle, en espérant y trouver sa mère mais lorsqu'elle arrive c'est, malheureusement, une maison dévastée qu'elle retrouve. Elle cherche en vain sa mère mais tombe face à face avec Dorothea qui lui demande où se trouve la Coupe Mortelle et lui dit que ce sera le seul moyen de retrouver sa mère vivante.

Clary crie qu'elle ne sait pas où elle se trouve et Dorothea commence à devenir étrange. Clary la poignarde lorsqu'elle lui fonce dessus, mais elle ne mourut pas et se changea en une créature démoniaque. Elle attaqua Clary en la griffant et la plaqua contre un mur de la maison. Mais lorsque celle-ci allait en finir avec Clary, quelqu'un poignarda la créature par derrière. Clary ne reconnut pas tout de suite le jeune homme qu'elle avait suivi à l'intérieur du Pandémonium, elle eut à peine le temps de dire quelques mots qu'elle s'évanouit, retenue par Jace qui l'amena à l'Institut de New York pour la soigner où, après s'être réveillée, elle fera la connaissance d'Isabelle Lightwood et de son frère Alec. Quand ils réalisèrent que les gens qui avaient pris Jocelyn cherchaient la Coupe Mortelle, ils travaillèrent aux côtés de Clary pour s'en occuper avant que Valentin ou que les Créatures Obscures puissent la trouver. Alors que les gens qui l'aidaient étaient principalement concernés par la sécurité de la Coupe, Clary resta concentrée sur sa recherche de Jocelyn tout en leur faisant bien comprendre que leur Coupe et leurs histoires d'Enenclave et de punitions ne l'intéressait pas.

Dans une tentative de déverrouiller ses souvenirs apparemment bloqués, les Chasseurs d'Ombres l'ont amenée à la Cité Silencieuse, où les Frères Silencieux ont utilisé l'épée de l'âme sur elle. Bien que tous ses souvenirs n'aient pas été consultés, elle s'en est assez souvenue pour découvrir qu'elle était la fille de Valentin. En dehors de la Cité Silencieuse, Simon fut kidnappé par des vampires dans le but d'obtenir des informations sur la Coupe en échange de sa libération. Clary força les autres à sauver Simon, et ils infiltrèrent la base des vampires, l'Hôtel Dumort. Avec l'aide de Raphaël, un vampire qui n'était pas d'accord avec les décisions de Camille, la chef du clan vampire, ils ont pu s'échapper avec Simon. Réalisant que ses souvenirs étaient cruciaux pour la recherche de la Coupe, comme l'avait indiqué le démon qui l'avait attaquée chez elle, Clary leur raconta un souvenir qui lui venait de sa jeunesse où elle voit un homme nommé Magnus en train de prendre ses souvenirs. Simon leur dit que son ravisseur Camille lui avait parlé de Magnus Bane quand il avait mentionné les souvenirs manquants de Clary. Le groupe a détourné Magnus de sa cachette avec une fête. En échange d'un collier auquel il tenait beaucoup (et qu'il prévoyait d'offrir à Camille), il acceptait de rendre à Clary ses souvenirs. Et bien que le sorcier ait d'abord refusé de les aider, il a finalement accepté quand le groupe l'a aidé à combattre les membres du Cercle qui ont attaqué leur refuge et tué plusieurs des siens. À sa grande surprise, Magnus lui a également dit que Dot, qu'elle avait appris à voir comme une sœur, avait été torturée et tuée par Valentin dans ses efforts pour la protéger. Magnus leur a alors dit qu'il avait nourri un démon de la mémoire, Valak, avec les souvenirs de Clary. Ils décidèrent d'invoquer le démon, mais lorsque la vie de Jace a été mise en danger, Clary décida de sacrifier ses souvenirs et de bannir le démon pour le sauver. Même sans ses souvenirs, Clary a finalement réussi à récupérer la Coupe. Alors que Valentin se faisait passer pour Michael Wayland, Clary a su voir sa tromperie et lui a donné une fausse Coupe. Valentin leur révéla alors qu'elle et Jace étaient frère et sœur, que son vrai nom était Jonathan Christopher (dont le diminutif est Jace) et qu'il était son fils avec Jocelyn. Ils étaient aussi capables de sauver Jocelyn de Valentin, même si elle était encore endormie sous la potion qu'elle avait prise, alors elle a commencé à chercher le Livre Blanc pour trouver le sortilège qui pourrait la réveiller. Ils ont ensuite perdu la Coupe quand Hodge les a trahis et a donné la Coupe à Valentin. Après qu'ils aient trouvé le livre et aient pu ramener Jocelyn, ils ont perdu Jace, qui a estimé qu'il n'avait pas d'autre choix que de rejoindre Valentin.

Après une brève réunion heureuse avec sa mère éveillée, Clary se préoccupa rapidement de leurs problèmes. Elle annonça à Jocelyn que Jonathan était en vie et avait été emmené par Valentin, ne sachant pas que Jocelyn avait le sentiment que Jonathan était naturellement mauvais et qu'il tenterait plus tard de le tuer. Parallèlement à cela, elle a été étroitement surveillée par le nouveau directeur de l'Institut, Victor Aldertree. Alec a blâmé Clary pour leurs dilemmes, faisant que celle-ci commence à faiblir dans son sens d'appartenance - incapable de s'intégrer véritablement parmi les Chasseurs de l'Ombre tout en ne pouvant pas retourner dans sa vie ordinaire. Dans un effort pour se repérer, elle se rendit à la Brooklyn Academy of Art pour peindre. Bien que Jocelyn et Luke, inquiets pour sa sécurité, se soient précipitée, elle a été kidnappée par Dot et emmenée sur le navire de Valentin. Clary a été mis en cage et contrôlé par Dot pour inciter Jace à se soumettre à Valentin. Clary parvint à rejoindre Dot, qui l'aida plus tard, ainsi que Jace à s'échapper du navire en abattant les protections avec sa magie. Bien que Jace et elle aient été séparées, il la contacta bientôt avec Isabelle. Le groupe a prévu de se rencontrer chez Magnus pour sauver l’inconscient Alec, qui avait besoin d’un contact avec son parabatai pour survivre. Jace a été arrêté après cela et il a été emprisonné dans la ville de Bones. Clary essaya de parler à Jace, mais fut seulement repoussée. Pendant ce temps, l’Enclave a décidé de réaffecter Jocelyn à Idris et Jocelyn a demandé à Clary de l'accompagner. Bien qu'elle y réfléchisse brièvement, elle refusa son offre, voulant apprendre à être un chasseur d'ombres à l'Institut et incapable de quitter ses amis.

Un nouveau type de démon a infiltré leurs rangs à l'Institut et a commencé à posséder des Chasseurs de l'ombre pour tuer d'autres. Alors qu'il possédait Alec, le démon a tué Jocelyn, le Clary dévastateur. Un Clary vengeur partit à la recherche du démon et le trouva bientôt en possession d'Isabelle. Après avoir attaqué Alec, Clary a poignardé Isabelle, forçant le démon à sortir du corps d'Isabelle, après quoi Clary l'a vaincu. Clary a pleuré sa mère. Son jugement brouillé au début de son deuil, Clary se rendit au démoniste Iris Rouse dans l'espoir de ramener sa mère d'entre les morts. Elle réalisa trop tard - après avoir déjà prêté serment de sang - que la résurrection par la magie noire avait un prix sombre, en particulier pour la santé mentale de sa mère. Iris a voulu la faire imprégner par un démon. Clary put se défendre, découvrant une nouvelle capacité en cours de route : elle eut la vision d’une rune qui ne figurait pas dans le Grey Book et qui l'avait finalement aidée à vaincre le démon.  Quelque temps après, Clary a commencé à entendre un cri assourdissant que seule elle pouvait entendre. Par l'intermédiaire de sœur Cléophas - une ancienne sœur de fer et la sœur de Luke -, elle a appris que le son était un appel à l'aide d'un ange, un pris au piège par Valentin qui l'appelait. Elle et Jace allèrent le relâcher et l'ange Ithuriel leur donna à tous deux une vision de la destruction de l'épée avant son départ et son retour au Ciel. Magnus les informa plus tard que Clary avait probablement un lien de sang avec Ithuriel et que ses "nouvelles" runes avaient été envoyées par l'ange. Pendant ce temps, le serment de sang de Clary avec Iris la lia.  Le serment de sang maudissait Clary de mort imminente, à moins qu'elle ne réussisse à sauver sa filleule Madzie de Valentin, qui utilisait la magie du jeune démoniste pour se faire avouer. Jace, Luke et Simon ont couru contre la montre pour sauver Madzie avant que Clary ne puisse mourir. Jace a réussi à les réunir en partie à cause des plans de Valentin, permettant ainsi à Clary de récupérer, mais Simon a été kidnappé par l'enfant manipulé. Valentin utilisa Simon comme appât pour amener Clary à l'Institut, où il avait planté l’épée à activer. Contre la volonté des autres, Clary s'en alla désespérée pour sauver sa meilleure amie. Jace et les autres ont pu l'éloigner, mais Jace, persuadé qu'il avait du sang de démon et qu'il pouvait détruire l'épée, tenait et activait l'épée, exactement comme Valentin l'avait planifié. Valentin réussit à l'utiliser pour tuer tous les Par les personnes avec du sang démoniaques de l'Institut à l'époque, à l'exception de Simon qui avait ingéré assez de sang d'ange de Jace pour être immunisé contre l'effet de l'épée. Dehors, avant que Valentin ne puisse l'utiliser pour détruire tous les Par les personnes avec du sang démoniaques, Clary reçut une autre vision d'une rune et la dessina à la surface de l'épée, la désactivant involontairement, mais l'épée disparut peu de temps après.

Valentin a été capturée et détenue à l'institut. Au cours d'une tentative d'interrogatoire, Clary a découvert qu'elle et Jace n'étaient en fait pas des frères et sœurs, un fait que Jace avait découvert auparavant, mais qui l'a dissimulée, voyant à quel point elle était apparemment heureuse avec Simon. Découvrant que la seule famille - hormis Valentin - qu'elle pensait avoir n’était en fait pas un lourd tribut pour elle. La chaîne d’événements et de révélations soudains et dévastateurs l’a conduite à bloquer ses émotions pour lui donner l’apparence de la tête froide, ce qui lui a fait perdre momentanément son aptitude à utiliser ses nouvelles runes. Avec l'aide du nouveau venu Sebastian, Clary a embrassé sa douleur et sa colère et a retrouvé l'accès aux runes. Clary a attesté que la découverte que ce n'étaient pas des frères et sœurs n'aurait pas changé sa relation avec Simon. Le couple a continué à sortir ensemble et semblait heureux ensemble. Cependant, lors d'une visite à la Cour de Seelie, la reine a demandé à Clary d'avoir "le baiser [le plus désiré]" en échange de leur vie. Embrasser Simon n’a aucun effet, mais embrasser Jace les libère. Simon, dévasté, a ensuite rompu avec elle. L'interaction de Clary et Jace après la Cour est devenue délicate, les deux hommes s'évitant. Travailler ensemble est devenu inévitable lorsque Valentin a échappé à la Enclave. Lorsque Clary a découvert que Jace était convaincue que Valentin pourrait être en Idris, elle a eu la vision d’une autre rune et a fini par créer un portail en la dessinant. Le portail les a emmenés à Idris, où Clary a failli se noyer dans le lac Lyn et est devenue délirante de ses eaux. Bien qu'ils ne soient pas arrivés à temps pour trouver Valentin, ils ont trouvé un cahier dans lequel ils ont découvert que le frère de Clary, Jonathan, n'était pas mort enfant et avait été élevé par Valentin. Ils ont ensuite découvert que l'homme qu'ils avaient appris à connaître sous le nom de Sebastian et qu'il avait accueilli à l'Institut était en fait son frère, Jonathan. Également hantée par les rêves récurrents du lac, elle s'est rendu compte que le lac était le troisième instrument mortel : le miroir des mortels. Bien qu'ils aient essayé de garder le fait de Valentin, il a finalement découvert. Il entreprit de retourner auprès d' Idris, pour appeler l' Ange Raziel et lui faire réaliser un souhait.

Les deux hommes atteignirent le lac juste avant que Valentin ne puisse appeler l'ange, mais fut surpris de trouver Valentin allongée dans l'attente, tuant Jace instantanément avec un coup de couteau dans le cœur. Valentin convoqua alors Raziel pour lui exprimer son souhait : la destruction de tous les Par les personnes avec du sang démoniaques, de ses démons et de ses chasseurs de l'ombre infidèles. Avant que Valentin puisse offrir son sang pour le vœu, Clary l'a attaqué et l'a tué. Capturée par le moment et son chagrin immédiat, Clary demanda immédiatement à l'ange pour Jace - Jace revenant d'entre les morts. L'ange fut prompt à exaucer son souhait et Jace fut ramené à la vie, mais non sans conséquences imprévues. Clary a reçu sa rune angélique peu de temps après, lors d'une cérémonie publique à laquelle assistaient de nombreux Shadowhunters et qui devait honorer Clary pour avoir tué Valentin. Plus tard, Clary a dit à Jace de dire la vérité à Alec à propos de ce souhait, mais Jace a insisté sur le fait qu'ils devaient le cacher à tout le monde car le souhait que l'on aurait pu accorder aux Chasseurs d'Ombres pourrait constituer un motif de sanction. Alors qu'il enquêtait sur un cas unique de démon possédant des mondains, Clary s'inquiétait de la paranoïa de Jace quand Jonathan était revenu et responsable de la créature Owl. Une rencontre avec le hibou, cependant, a contredit sa théorie. À un moment donné, Jace lui a révélé qu'il avait l'impression de perdre la raison, ayant des moments de réveil dont il n'avait aucun souvenir. Il lui a dit qu'il allait se faire soigner à la Cité des ossements, mais Clary doutait qu'il s'agisse de problèmes mentaux et soupçonnait que cela avait davantage à voir avec son réveil. Inquiet, Clary finit par dire à Luke de souhaiter à Jace son retour parmi les morts. Ensemble, ils sont allés voir Cléophas à la ferme de Luke et lui ont demandé de l'aider à rejoindre Ithuriel.

Cléo a aidé Clary à convoquer l'ange et, après la convocation réussie, Clary a demandé à Ithuriel si elle était responsable du comportement de Jace. Ithuriel lui dit qu'elle ne l'était pas, mais que son retour d'entre les morts le rendait vulnérable à l'influence. L'ange a mentionné l'arrivée du grand mal dans leur royaume et Clary a pensé que c'était le hibou. Ithuriel était sur le point de lui parler du maître de la chouette avant qu'un grand démon n'arrive et lui déchire le cœur. Le démon prit un morceau de son âme et partit. Plus tard, Clary en déduit que le démon qui était arrivé était le maître du hibou mentionné par Ithuriel. Quand Jace revint de son traitement, prétendant être guéri, Clary remarqua quelque chose au sujet de son comportement - comme s'il ne se souciait pas d'elle. Clary a demandé l'aide de Magnus pour identifier le démon, pour lequel Magnus a demandé à l'aide de frère Zachariah. L'unique Frère silencieux leur a donné des sources à explorer et Clary a découvert que Zacharie était proche d'un Herondale dans sa vie passée. Clary a ensuite demandé des informations sur le traitement de Jace et il lui a dit que Jace n'est jamais arrivé pour son traitement. Clary a raconté à Magnus le comportement étrange de Jace, et celui-ci s'est rendu compte que Jace était tombé en amour pour elle - il a mis cela en rapport avec le client qui lui avait commandé une potion "tombant en amour". Magnus en déduit que le démon qui l'attaquait était la femme qui était venue à lui, déguisée en humain, et ils cherchaient Jace. Elle appela Luke, qui était à la lune du chasseur où Jace était avec sa famille, trop tard car il avait déjà jeté son dévolu sur Ollie comme prochaine cible. Ils ont essayé de l'arrêter, mais au moment où ils ont rattrapé, Ollie était déjà possédée et ils ont vu que Jace était en fait le hibou.  Clary est allé après Jace et les deux se sont battus sur le toit d'un bâtiment. Clary essaya de le calmer, mais Jace lui dit qu'il ne l'aimait plus et la poussa hors du bâtiment. Elle a été gravement blessée et momentanément paralysée. Elle a donc demandé à Simon de l’aider à retourner à l’Institut.

Après s'être rétabli, Clary a rejoint la réunion d'information où Magnus leur a dit que le démon contre lequel ils se trouvaient était Lilith, la reine d’Edom. Pour être en mesure de bien expliquer la situation, Clary a finalement informé tout le monde de son souhait de vivre au lac Lyn. Craignant initialement qu'Alec la dénonce immédiatement à la Enclave, il la serra plutôt dans ses bras, affirmant qu'il en aurait fait de même pour Jace. Ils ont ensuite comploté pour piéger Jace dans une configuration Malachi, qu'ils ont volée au manège militaire d’Alicante avec l’aide d’Imogen. Cependant, la mort d'Imogen dans les mains du hibou, et celle de Jace et leur présence ultérieure au cimetière des déshonorés, ont alerté les gardes sur leurs activités. Pour gagner du temps pour sauver Jace, Clary les envoya chez Magnus par le biais de sa rune Portal et se rendit à la Enclave. Clary a été interrogé par le consul Jia Penhallow avec son âme-épée, obligé de dire la vérité sur tout, depuis la possession de Jace jusqu'à son vœu. Pour cela, Clary a été condamné à mort. Quelque temps après, l’exécution de Clary avait été programmée avec l’abattage avec d’autres condamnés à mort. En attendant son tour, Clary a été rejointe par Iris Rouse, qui lui a dit que son exécution avait été avancée parce qu'elle avait refusé les demandes de Jia de ressusciter Valentin. Quand ce fut son tour, elle dit à Jia qu'elle pourrait ressusciter Valentin avec une rune. Jia a momentanément suspendu son exécution afin qu'elle puisse le faire, et bien que Clary ne sache pas quelle rune elle dessinerait mais était confiante que cette rune viendrait à elle, elle s'est retrouvée avec une rune de Nécromancie qui a ramené Valentin à la vie. Valentin refusa de dire quoi que ce soit sauf à Clary, ce qui retarda encore son exécution. Jia l'a autorisé mais est resté proche, écoutant son interrogatoire. Elle fut capable de convaincre Valentin d'expliquer pourquoi Lilith voulait son corps : elle avait besoin de sa chair pour le rituel de la résurrection de Jonathan. Immédiatement après, Jia revint dans l'intention de brûler le corps de Valentin pour arrêter Lilith. Valentin a riposté, cependant, et les moyens classiques se sont avérés incapables de le tuer. Clary fit alors semblant d'être de son côté pour s'approcher suffisamment pour annuler la rune Nécromancie. Quand un garde arriva, Clary se rendit et pria le garde de brûler le corps de Valentin, seulement pour que le garde se révèle comme le hibou, toujours dans le corps de Jace. Il prit la côte de Valentin et l'emmena avec lui à Lilith, ayant besoin d'elle pour la résurrection de Jonathan.

En guise de dernière étape pour le rituel, Lilith a gravé une marque sur la peau de Clary, qui est également apparue sur le cadavre de Jonathan, liant leur force vitale. Les autres essayèrent de rejoindre Lilith et Clary pour la sauver et empêcher la résurrection. Quand Simon est arrivé, elle lui a dit de se rendre directement au sarcophage de Jonathan pour que Lilith l'attaque pour le protéger, sachant que la Marque de Caïn réagirait et tuerait Lilith. Pour l'éloigner de Jonathan, Clary a menacé de se suicider, sachant que cela perturberait le rituel, et a attiré Lilith. Elle la frappa avec sa rune Soleil et la garda encore assez longtemps pour que Simon puisse tenter de détruire le sarcophage de Jonathan. Lilith l'a attaqué avec l'intention de tuer et a été tué par la marque de Cain. La force des puissances en collision renvoya Simon sur le bâtiment. Clary se précipita pour être arrêtée et saisie par son frère ressuscité. La mort de Lilith sur Terre a provoqué une explosion massive, à la suite de laquelle Clary et Jonathan ont disparu, laissant Simon et les autres croire qu'ils ont été tués dans l'explosion. Sous la couverture de l'explosion, l’appartement magique de Lilith, avec Clary et Jonathan, a été transféré en Sibérie. Clary se réveilla quelques jours plus tard avec Jonathan, maintenant vraiment vivant et portant son vrai visage. Clary réalisa que le symbole que Lilith avait gravé dans sa poitrine était ce qui avait ramené Jonathan à la vie. Jonathan essaya de raisonner Clary sur le fait qu'ils devaient rester cachés car elle restait un criminel recherché par la Enclave, aucun d'entre eux ne sachant qu'elle avait été pardonnée à titre posthume. Clary a refusé de se laisser influencer par les paroles de Jonathan. Clary s'enfuit mais réussit seulement à aller si loin avant de s'effondrer d'épuisement dans le froid, et Jonathan la rattrapa et la ramena à l'appartement. Peu de temps après sa convalescence, Clary a tenté de le tuer, le poignardant au menton, pendant un moment de vulnérabilité alors que Clary faisait semblant de vouloir aller à Paris ensemble. Tous deux ont été témoins pour la première fois de l'effet de leur nouveau lien, né de la rune avec laquelle Lilith les avait tous deux marqués, alors qu'elle saignait de la blessure qu'elle avait infligée et qu'elle ne guérissait que lorsque Jonathan activait sa rune de guérison. Clary a finalement été sauvé par Jace et les autres.

Clary se débattit avec sa relation avec Jonathan et, au cours d'une rencontre qui aurait pu garantir sa capture, se retrouva inconsciemment à le surveiller et à lui permettre de s'échapper. Leur connexion a également commencé à affecter son état d'esprit. Elle a commencé à s'en prendre violemment, comme elle le faisait quand elle a battu Aline Penhallow, et de façon inattendue, même envers ceux qu'elle aimait. Elle a finalement réussi à capturer Jonathan, le mettant en portail dans une cellule sous l'Institut. Un moyen de rompre potentiellement leur lien de runes de jumelage a été découvert, mais la synthèse du produit prenait du temps et Clary se penchait de plus en plus vers elle et le côté obscur de Jonathan. Pour contrer cela, Jace est restée près de Clary autant que possible afin de pouvoir l'ancrer, mais quand ils ont été séparés brièvement dans une bagarre, Clary a sombré dans l'obscurité. Elle assomma Jace pour qu'il ne la suive pas et libéra Jonathan de leurs cellules de prison. Clary et Jonathan se sont échappés à l'appartement de Lilith. Elle était toujours amoureuse de Jace, cependant, quand Jace lui envoya un message d'incendie lui demandant d'être avec elle, Clary demanda à Jonathan de lui donner une chance, confiant que son amour pour elle était plus fort que sa loyauté envers la Enclave. Lors de son voyage au Kosti Lustr à Prague pour capturer la reine Seelie, Jonathan découvrit que Jace les espionnait, se rendant à l'Institut avec une sonnerie à voix basse et tentant de le faire tuer par les gardes de la Reine. Bien que Clary ait protégé Jace, elle l'a laissé derrière elle, menaçant de le tuer s'il tentait à nouveau de la séparer de Jonathan, et s'est échappée avec Jonathan et la reine captive. Au cours de l'échange contre l’épée Queen et Morning Star, Jace et Isabelle sont arrivées, brandissant le glaive divin incendié au feu divin, Glorious, qui pourrait rompre leur lien. Jace a poignardé Clary avec l'épée, la libérant de la rune qui a immédiatement commencé à s'estomper de sa peau.

Jonathan en colère, maintenant presque purement démoniaque en raison de la perte de son lien avec Clary, a utilisé l'épée Morning Star pour ouvrir une faille à Edom à Alicante, libérant un nombre infini de wraiths dans la ville de Shadowhunter et dans le monde. Ils ont été sauvés uniquement par la décision de Magnus de se rendre à Edom pour fermer la faille à partir de là.  Quand ils ont eu vent du projet de Lilith de constituer une armée de démons pour tuer Magnus à Edom et revenir dans leur monde, Isabelle, ses veines pleines du feu divin de l'explosion de Glorious, s'est lancée seule pour tenter de sauver Magnus. Clary a créé une rune de l'Alliance afin que leur petit groupe de chasseurs de l'ombre et de Par les personnes avec du sang démoniaques puissent partager temporairement leurs capacités et leurs immunités et ainsi traverser Edom en toute sécurité. Elle a rencontré une résistance puissante lors de la première application de la rune sur Simon, mais elle a réussi et a réussi à établir des liens entre Jace avec Meliorn et Alec avec Lorenzo Rey. Ils se rendirent au sanctuaire d’Asmodée à Edom, où Isabelle put vaincre Lilith avec son feu céleste. Clary a ensuite marqué Magnus et Isabelle avec la rune Alliance afin qu'ils puissent tous absorber le feu céleste qui menaçait de détruire Isabelle. Avec leur sang d'ange temporairement lié et leur sang de démon, ils ont sauvé Isabelle et dispersé les restes de la flamme. Après leur retour d'Edom, Clary vit et suivit une boule de lumière brillante qui se révéla être l'esprit de sa mère, transmettant à Angel Raziel l’avertissant d'arrêter d'utiliser ses capacités de runes ou ses conséquences. Plus tard, quand ils ont appris que Jonathan avait attaqué des Instituts, tuant des Chasseurs de l’Ombre et des mondains, par dépit pour Clary, elle avait insisté pour faire face à Jonathan. Elle le repoussa et le serra dans ses bras. Elle a créé une nouvelle rune, ayant accepté l'ultimatum de Raziel, qui lui a donné des ailes et l'a utilisé pour écraser Jonathan. Clary remarqua immédiatement l'effet de sa désobéissance : ses runes commençaient lentement à s'estomper une à une. Clary s'est également retrouvée en train de perdre ses souvenirs et la vue. En prévision de son départ, Clary a écrit à Jace une lettre expliquant ce qui lui arrivait. À la fête qui a suivi le mariage de Magnus et d'Alec, Clary a fait ses adieux à Simon et à Jace. Quand elle sentit que ses dernières runes et Sight of the Shadow World disparaissaient, elle quitta l'Institut. En raison des circonstances de son départ, les autres n’osèrent pas s’approcher de Clary pour lui parler d’elles ou du Monde des ombres, de peur d’aggraver les choses. Un an plus tard, Clary fréquentait la Brooklyn Academy of Art. Clary sentit les oublis dans sa mémoire et les exprima à travers son art abstrait. Au cours d'une exposition de son travail, elle remarqua Jace - malgré son prestige - l’observant et le reconnaissant inexplicablement, et cherchant à toucher les runes sortant de son col, l'interaction éventuellement bénie, enfin autorisée, par l'ange qui les observait d'en haut.